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使用網路申報所得稅者要注意，若採用列舉扣除額報稅，切記要在6月11日前，將相關列舉扣除證明單據寄送稅捐機關，以免事後遭稅捐機關剔除並補稅的麻煩。
財政部指出，選用列舉扣除額的民眾，若未檢附相關支出證明，遭稅捐機關改按標準扣除額補稅後，才拿出列舉扣除支出證明要求更正，稅捐機關雖不能拒絕調整，但仍會增加徵納雙方困擾，民眾最好能在限期內寄出相關支出憑證受查。
但是財政部強調，有兩種情況不接受民眾事後補證，包括：已完成所得稅申報，報稅時未主動在列舉扣除額或標準扣除額中擇一填寫者，稅捐機關一律視為選用「標準扣除額」報稅；以及報稅時已經選擇按標準扣除額報稅者。
以往各個國稅局在查核個人綜合所得稅申報案件時，經常發現大批補稅案件中，有納稅人因網路申報後，未將應檢附的證明文件、單據送交稽徵機關，遭到補稅。
財政部提醒民眾，今（98）年採用網路報稅者，在完成網路申報手續後，有依法應檢附的證明文件、單據，例如申報扶養其他親屬，應檢附共同生活確受其扶養的證明文件；申報列舉扣除額如捐贈、保險費、醫藥及生育費、自用住宅購屋借款利息或房屋租金支出等，也要檢附相關單據。
財政部規定，相關證明單據至遲應在6月11日前寄送戶籍所在地國稅局所屬分局、稽徵所，但只限使用網路報稅者。
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