勞工退休金條例於94年7月1日施行後，營利事業對於適用勞基法的勞工，有採用新制「提繳退休金」或「投保年金保險費」，也有採用舊制需依照勞基法之規定「提撥勞工退休準備金」；而對於不適用勞基法的勞工，其符合規定條件者，則可為其「提列職工退休金準備」或「提撥職工退休基金」。
此外，營利事業可為委任經理人提繳新制退休金或投保年金保險費，但不能再重複列報退休金費用。而適用勞基法的勞工及委任經理人，可在規定限額內自願提繳新制退休金或投保年金保險費。以上不同制度間的課稅規範，隨著財政部函釋的發布、營利事業所得稅查核準則及所得稅法的修正，已漸趨明確及一致：
一、營利事業費用認列：不論是依勞基法提撥勞工退休準備金，或提繳勞工退休金或投保年金保險費，其費用認列的限額都是15%；但提繳委任經理人退休金或投保年金保險費之限額為6%。營利事業若未為委任經理人提繳退休金或投保年金保險費，而係提列職工退休金準備或提撥職工退休基金者，其費用認列之限額分別為4%或8%。
二、個人所得稅課徵：勞工或委任經理人於自願在6%範圍內提繳退休金或投保年金保險費時，不計入提繳或投保年度薪資所得課稅；其中年金保險費部分，並不得適用保險費列舉扣除規定。未來在領取退休金、資遣費及年金保險之保險給付時，則依退職所得規定課稅；但提繳的退休金或投保的年金保險費，於提繳或投保年度已計入薪資所得課稅部分及其孳息，於領取時不再課稅。
在新、舊制銜接時，營利事業對於選擇適用新制的勞工，應保留其在舊制的工作年資，並得以不低於勞基法的標準結清，給付「年資結算金」。該年資結算金應儘先由勞工退休準備金項下支付；不足時，始得以當年度費用列支。
而勞工對此年資結算金，可選擇支領，或移入勞保局之個人退休金專戶或投保年金保險，前者於支領時依退職所得規定課稅，後者於全額移入時尚不須課稅，待領取時再課稅。
至於營利事業在勞工退休金條例施行後五年內，依法為選擇適用舊制與保留舊制工作年資的勞工，採一次或分年足額的方式提撥的勞工退休準備金，財政部原規定得在不超過當年度已付具有舊制工作年資者勞工的薪資總額15%限度內，以費用列支。惟基於此乃法律強制規定的事項，因此在98年6月3 日重行核示該提撥的金額，得全數以費用列支，而衍生過去已適用限額規定的確定案件，得否更正退稅的疑義。
對此問題，如果認為此前、後課稅釋示的不一致，屬法律見解改變者，為維持法律秩序的安定，應不受後釋示影響；然值此五年期間將屆滿四年之際，將其認屬法律見解的改變，是否妥適，有加以澄清的必要。
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