公司計算最低稅負申報營所稅時應注意，雖然過往年度有虧損可以申報扣除，但是在減除虧損前必須要有盈餘，否則將會超出可扣除的範圍，最後還是會被稅局調整補回課稅。
我國自95年1月1日起實施最低稅負新制後，公司在辦理各年度所得稅結算申報時，必須一併填報所得基本稅額申報表，營利事業的基本所得額是指依「所得稅法規定計算之課稅所得額」加計該條例第7條第1項各款所得額後的合計數。
不過，公司在計算最低稅負時，雖可扣除往年度營業虧損金額，並自行決定往年度營業虧損部分的減除順序及金額，但因計算課稅所得額時，減除以往年度營業虧損的順序及金額，是由公司自行擇定，導致公司常誤以為金額不受限。事實上，只有在計算至尚未減除以往年度虧損前的所得額有盈餘時，才可主張再減除以往年度營業虧損，使課稅所得額為零。
南區國稅局日前查核甲公司95年度所得稅結算申報案時，發現甲公司列報全年所得1,560萬餘元，減除停徵所得稅的證券交易所得1,550萬餘元，以及前五年核定虧損扣除額150萬餘元後，甲公司的課稅所得額為負140萬餘元。而甲公司列報95年度基本所得額時，是以課稅所得額負140萬餘元，加計證券交易所得1,550萬餘元後，列報基本所得額為1,410萬餘元，甲公司並繳納所得基本稅額121萬餘元。
南區國稅局指出，甲公司所申報的課稅所得額，是將以前年度的虧損150萬餘全數扣除，使得課稅所得額成為負數，但因甲公司全年所得額1,560萬餘元，減除證券交易所得1,550萬餘元後的10萬元，才能申報減除前五年的虧損，南區國稅局最後核定甲公司95年度課稅所得額為0元，加回證券交易所得1,550萬餘元後，基本所得額1,550萬餘元，扣除200萬元免稅額後，甲公司應納所得基本額為1,350萬餘元，再以10%稅率課徵135萬餘元的所得基本稅額，因甲公司只有申報121萬餘元，仍需補繳稅款14萬餘元。
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